濾膜 (0.1～0.45 μm) 具有像網篩一般的結構，可以將大於孔徑的粒子攔截,可以把細微的碎片以及微生物完全去除，也可以使用於樣本稀釋液，來防止環境中的微生物混入。

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優點：

缺點：
  • 微孔過濾法可以捕捉比孔徑大的分子（微粒子、微生物）。
  • 濾膜表面只要被薄薄覆蓋一層污染物、就會立即造成濾膜完全阻塞。